由教育部主辦、國立體育大學承辦的99年全國大專校院運動會，於5月7－11日假國立體育大學隆重舉行。
今年聖火傳遞首度將聖火傳遍全台各地參與大專運動會的學校，在5月2日下午五點，聖火隊來到屏東科技大學，本校派出堅強的陣容，由校長及總教官親自擔任火炬手，帶領本校菁英團隊，完成聖火傳遞事宜。面對全國大專運動會賽事各校好手的挑戰，本校選手不分寒暑密集接受教練安排之訓練課程後，在4月30日校長親自授旗給代表隊出賽，每個進入會內賽的隊伍個個蓄勢待發，等待在比賽會場上嶄露頭角，並於5月7日陸續出發至比賽會場。本校大家長古源光校長親自北上出席開幕典禮，為本校運動健兒注入一劑強心針，鼓舞士氣，使得本次賽事佳績頻傳。本次游泳競賽中，森林系吳政憲同學榮獲100M、200M蛙式冠軍及50M蛙式第五名，可稱「蛙界之王」；跆拳隊生科所陳怡萱同學實力堅強、不負眾望的踢下大女乙組蠅量級金牌蟬聯冠軍；同隊工管系邱鴻明同學在激烈對戰中，奮力一搏奪下大男乙雛量級第六名；木球隊今年加入五位新血，在唯一經驗老到的隊長帶領下，面對下雨、泥濘等艱困的比賽環境，他們依然鬥志不減、卯足全力，最終榮獲大女乙組團體賽第七名；田徑隊由機械系陳詩涵同學獲大男乙組鐵餅第三名銅牌。
99年全國大專運動會本校成績如下：
森林系 吳政憲 男乙組游泳100M蛙式 第一名
森林系 吳政憲 男乙組游泳200M蛙式 第一名
森林系 吳政憲 男乙組游泳50M蛙式 第五名
生科所 陳怡萱 女乙組跆拳道 蠅量級 第一名
工管系 邱鴻明 男乙組跆拳道 雛量級 第六名
機械系 陳詩涵 男乙組田徑鐵餅 第三名
女乙組木球團體賽 第七名
社工系 楊雅竹
休保系 黃伶元
休保系 楊子瑩
休保系 莊婷婷
休保系 林秀靜
休保系 許芷芳