國立屏東科技大學水產養殖系有鑒於自然資源逐漸減少，養殖水產品的糧食需求日增，飼料不但佔水產養殖生產成本的40-60%，且影響養殖水產生物之生理、免疫抗病及衛生安全，製造符合衛生安全與養殖生物營養需求之水產飼料，是降低養殖環境汙染，生產符合衛生安全標準水產品的重要關鍵，在學校務基金、教育部教學卓越計畫與轉譯農學人才培育計畫，及產學合作計畫的經費的挹注下，建構全國大專院校唯一具低溫製程的「水產科技飼料廠」。
本校水產養殖系是全國科技大學中最早成立的「水產養殖系」，以水產繁養殖與育種、水族營養與飼料、產銷經營管理及資源保育與永續利用等四大領域課程貫連相關產業，發展及落實實務教學，培育具有專業素養與倫理道德觀念的專業人才，自100學年度起招收博士班後，可一貫性的培育研發創新水產養殖相關產業技術之高級技術專才；以開發與應用生技產品，發展精緻化水產科技飼料，應用於培育優質水產種苗與觀賞魚為發展特色。
鑒於自然資源逐漸減少，養殖水產品的糧食需求日增，飼料不但佔水產養殖生產成本的40-60%，且影響養殖水產生物之生理、免疫抗病及衛生安全，製造符合衛生安全與養殖生物營養需求之水產飼料，是降低養殖環境汙染，生產符合衛生安全標準水產品的重要關鍵，該校自97年度起由校校務基金、教育部教學卓越計畫與轉譯農學人才培育計畫，及產學合作計畫的經費共補助儀器設備421萬多元，並由校務基金支應542萬多元補助建廠基礎設備，99年12月水產飼料均質攪拌及連結輸送系統完工後，「水產科技飼料廠」已可正式運作，該廠除做為水產飼料開發人才培育外，並擴展產學合作，生產包括：「種苗初期微粒飼料」、「觀賞魚揚色飼料」、「益生菌添加飼料」、「促成長、免疫與植物性蛋白利用率飼料」及「功能活性物添加飼料」等科技飼料。