「基礎機構典藏平台暨特色數位資料庫」是隸屬於本校教學卓越計畫主軸參-數位教材推動卓越計畫的子計畫，整合了各學院之特色數位典藏資料庫與圖書館數位典藏館。
96學年度主要為建置基礎式特色數位資料庫，共有九個單位參與此計畫，包括電算中心、圖書館、農機具陳列館、森林系、植醫系、木設系、獸醫系、水保系、服飾系，結集了各館藏之標本、農業機具、氣象數據資料、創意服飾、圖書資源等。
97學年度新增「客家文化產業典藏館」、「植物學圖典資料庫」，以及「老建築典藏中心」，並加強機構典藏系統功能，包括：主題地題、英文化介面、註冊ROAR開放國際搜尋等。
本年度亦將植醫系昆蟲標本館及獸醫解剖標本館做一版面更新，突顯典藏特色，首頁輪播特色圖片吸引瀏覽者更想點選多了解一些；資料分類以階層的方式呈現，瀏覽者容易找尋欲查看之資料，並提供地圖瀏覽功能，使用者除能增進平時較少接觸之特色知識外，亦能進一步了解其生長地理位置。
除版面更新之外，部落格亦為一大特色，如植物學圖典資料館之「黑胡桃部落格」，以圖文方式介紹植物之開花結果等過程，閱覽完才知道其實它們跟我們一樣具有生命力，是那麼的美麗動人，且瀏覽者可回應發表相關感言及問題，透過一問一答，成為具互動性之知識平台。
另於獸醫解剖標本館中，其特色為「3D頭骨」，是以Flash軟體所製成，本年度共完成13副頭骨，除將其部份作標示及說明外，亦提供英文介面加以對照，可做為老師於課堂教學之用途。
於未來(98)年度中，將持續擴大機構典藏功能，除2D數位資料外，計畫購置雷射掃描儀器以加強3D塑模技術，並提供分類分群整合檢索，及收錄國內外OAI數位典藏資料庫等。